Помощь · Поиск · Пользователи · Календарь
Полная версия этой страницы: Биохимия
Официальный форум ВолгГМУ > Основной Форум ВолгГМУ > Кафедры университета > Кафедра теоретической и клинической биохимии
vzaytsev
Предлагаем Вам здесь обсуждать проблемы изучения биохимии (не только студентам с разных факультетов, включая заочников, но последипломникам). Только помните, что данная тема посвящена именно самому предмету и его изучению. Для организационных вопросов будет другая тема.

Сразу поясню, что на два типа вопросов ответов не будет никогда: (1) если спрашивают о фактическом материале, который есть в учебниках, лекциях или легко находится в широко распространенной литературе; (2) по типу "а где-то в учебнике, лекциях и т.д." - учитесь ползоваться предметным указателем в книжках.

Также здесь приветствуются описания ваших личных затруднений с теми или иными разделами программы. Возможно, зная, где наиболее узкие места для студентов, мы что-нибудь сможем изменить в преподавании. Не надо только глобальных советов по типу "а я все сделал бы по-другому и вот так". За рамки программы, утвержденной министерством, мы не можем выбраться.

По-любому, на конкретные и содержательные вопросы ответы будут даваться в первую очередь, особенно, если вопрос связан с пониманием, а не на чистое знание фактов.
Dome
Ужасно сложный предмет, в году 3 стояло, а на экзамене 5 получил, на вопрос экзаменатора: "Как?", честно ответил: "Надо было выучить - выучил, но предмет не люблю и не понимаю!" За честность отлично и получил.
А вот мой преподаватель (не будем вдаваться в частности) в сентябре следующего года спросил, как так вышло, мол не она ли виновна в моем не старании по предмету... Абсолютно нет, просто предмет мне не давался в принципе, вот и все. Ей приятно было слышать, думаю, так как она там праподавала пока только год на то время!
Vitali
на втором курсе я учил биохимию для "галочки", не испытывал теплых чувств. с некоторым энтузиазмом изучал разделы клинической биохимии, мне это казалось практичнее для будущей лечебной деятельности. Все-таки 1 года для теоретической биохимии мало. "Выучил-сдал итоговую-забыл", а так чтобы размеренно, осознанно... Сейчас бы я по-другому учился.
PS Сейчас читаю клин биохимию Ткачука и Маршала, все разделы вперемешку, просто нравится.
Dome
Ну, ты фанат! tongue.gif
Львица
С кафедрой биохимии всязаны самые теплые воспоминания. Тогда занятия у нас вел покойный профессор Галаев. Вспоминается также кружок и посиделки-чаепития до вечера.
Вапеконт
Ожидал от биохимии тихова ужаса, слава Богу мои ожидания не оправдались, очень даже занимательный предмет. И что самое классное, если внимательно слушать лекцию, можно и учебник не открывать.
Протей
Забавно... если слушать лекцию, то учебник можно не открывать.
считаю, что учебник(и) надо открывать, хотя бы для того, что в них можно открыть что-то новое!
vzaytsev
Цитата(Протей @ 16.9.2006, 16:04) *
Забавно... если слушать лекцию, то учебник можно не открывать.
считаю, что учебник(и) надо открывать, хотя бы для того, что в них можно открыть что-то новое!


Лекция хорошо подготовленная легко заменяет учебник, в том числе потому, что она свежее и содержит более современные сведения. Хотя лучше всего, если лекция и учебник не повторяют друг друга по материалам, а дополняют. Не всегда удается - и потому еще, что не каждый преподаватель такую лекцию проведет. К слову, и в учебниках даже весьма уважаемых авторов иногда ерунда, ошибки и опечатки встречаются, да такие, что могут весь смысл с ног на голову поставить.

Чувствую, надо будет для примера несколько проблемных мест из Биохимии Северина привести. После выходных, надо и поотдыхать, однако...

А читать лучше, конечно, не учебник, а обзоры и статьи по темам занятия, да еще авторов, которые сами этой проблемой активно занимаются. Но, увы, это все мечты...
Eraser
Валерий Геннадьевич, у меня вопрос по существу: что можно почитать (авторы наши и зарубежные) студенту МБФ второго курса по Биохимии, чтобы в общих чертах (а может и чуть больше) иметь представление об одном из основных предметов на факультете.
Дело в том, что не первый раз убеждаюсь - первоначальная правильно выбранная литература является одним из главных факторов успешного освоения любой дисциплины. А читать ту книгу, которая нравиться в то время, когда задают читать ту книгу, которую якобы "нужно" , зачастую весьма проблематично. Буду очень признателен за ответ!
Pecatum
На 2 курсе, по-моему, легче всего будет начать с Биохимии Северина (Северин Е. С., Николаев А. Я. Биохимия: Краткий курс с упражнениями и задачами: Учеб. пособие для мед. вузов. Изд. 2), и "Наглядной биохимии" ( Кольман Я., Рем К.-Г. Издательство: Мир, 2004 г. Твердый переплет, 469 стр).
vzaytsev
2 Eraser. Попробую. Хотя это будет сложно. Ничего, если я не в двух словах. Одну книгу точно нельзя порекомендовать - ни в одной области знаний нет единственного исчерпывающего руководства. Тем более, в быстро развивающейся и меняющейся науке. На русском языке я попробую назвать одновременно несколько книг, но только с просьбой - читайте критично (это к любой литературе относится). Но, если можете, лучше литература на английском - на то есть три резона: (1) учебники и руководства по биохимии там переиздаются гораздо чаще, некоторые - ежегодно; (2) если их и переводят на русский язык - то только с запаздыванием на несколько лет, часть информации за это время может устареть; (3) зарубежные руководства пишутся обычно более крупными коллективами, значит, большинство разделов готовятся теми, кто в конкретной области биохимии и работает, это важно.

Из того, что есть на русском языке, я бы прежде всего порекомедовал "Наглядную биохимию" авторов Кольмана и Рёма. Но смотрите на авторов. Под этим названием изданы несколько разных книг. Книга Кольмана очень удачна (хотя и вышла в 2000 году), с большим числом цветных схем (и относительно кратким поясняющим текстом). В свое время эта книга получила одну из международных премий за лучшую научную графику. Еще бывает в магазинах, также ее можно купить непосредственно в издательстве "Мир", в том числе через Интернет http://www.mir-publishers.net/ (около 400 рубл. без доставки). Есть ее вариант электронный в chm. В электронном виде (пдф) также есть и последнее английской (переработанное) издание.

Второе руководство - Биохимия человека Марри (причем несмотря на давность издания, на русский язык перевод был сделан в 1993 году, с тех все переиздания были стереотипными). Главное достоинство книги - в сочетании превосходной логике изложения биохимии (именно в приложении к медвузу) с удачным и понятным языком + большое количество иллюстраций (к сожалению, в русском издании - черно-белые), удобных для понимания.

Начните с этих двух книг. Если же у Вас есть хотя бы азы знаний английского - в электронном виде есть блестящий двухтомник Метцлера (2003), классика биохимических учебников - последнее издание Ленинджера и уникальное издание Энциклопедия биологической химии с относительно подробным рассмотрением наиболее интересных и важных объектов изучения совр. биохимию.
На закуску на английском - книга под названием "Основные концепции биохимии - Руководство для выживания студентов (A Student's Survival Guide)" с кратким изложением основ биохимии.

О достоинствах и недостатках отечественных учебников биохимии - на днях, если еще не утомил.

Наилучшие пожелания и успехов во всем

P.S. Насчет Северина не согласен. Сам учебник грешит рядом белых пятен и неточностей, а "Краткий курс", по-моему, более полезен, когда уже поизучал биохимию, для освежения мозгов и для выполнения упражнений (но очень осторожно - ряд упражнений в Кратком курсе [блин, так и вспоминается Краткий курс ВКП(б) - ну что б не придумать другое название smile.gif ] содержит грубые фактические ошибки в приводимых автором ответах)
tipok
Согласен с Pecatumом насчет Северина... Считал себя нереально далеким от химии и всем, что с ней связано считая ее непостягаемой наукой (для себя)...А тут вполне понятно. Сжато, интересно и показательно...ИМХО для начала пойдет.
Pecatum
Валерий Геннадьевич!
Вопрос, относящийся к биохимии, генетике, молекулярной биологии и возникший по причине глубокого копания в иммунологии.
При реарранжировке генов тяжелых и легких цепей иммуноглобулинов (т.наз. сайт-специфическая рекомбинация) происходит формирование "петли" из деконденсированных участков хроматина. Причем схожий процесс имеет место и при взаимодействии энхансера и промотора в любом "обычном" транскрипционном процессе. По поводу последнего существует две теории, объясняющие механизмы сближения энхансерного и промоторного участков. Первая теория гласит, что сближение имеет стохастический, вероятностный характер. Таким образом, поскольку сближение (благодаря процессам, сходным с броуновским движением) происходит с большей частотой, чем присоединение белков (транкрипционных факторов, и РНК-полимеразного комплекса), что показано в различных экспериментах, то этот процесс не является лимитирующим по скорости, а значит, вполне имеет право на существование. Вторая теория утверждает, что происходит "сканирование" энхансерным комплексом последовательности ДНК (ведь РНК-полимераза имеет способность сканировать ДНК, так же как и ДНК-полимераза до нахождения участков ori?), до того момента, как энхансер не "нарвется" на промотор. Последняя теория подтверждается тем, что наиболее активны те энхансеры, которые расположены на расстоянии 200 п.н. от промоторной зоны (т.е. все действие происходит в едином деконденсированном регионе, свободном от гистонов), они быстро находят нужный промотер. Плюс ко всему энхансерный комплекс помимо TF, видимо, включает в себя и РНК-пол., которая как раз и занимается "просмотром" последовательности нуклеотидов.
А теперь вопрос: формирование внутримолекулярной рекомбинантной петли с участием RAG1 и RAG2 имеет ли схожие механизмы с образованием комплекса "энхансер-промотор", а если нет, то какие по этому поводу существуют объяснения? Может ли быть, что внутри ядра действуют некие транспортные механизмы (что-то типа филаментов или трубочек), взаимодействующие с рекомбиназами и способствующие сближению, например D-J и V-J участков генов тяжелой цепи?
Танис
3 года изучал биохимию по методу Илоны Давыдовой-ПОМОГЛО!
Nick
Танис, умора!!! biggrin.gif Зачот вне очереди! victory.gif
vzaytsev
2 Pecatum

Для совсем конкретного ответа надо пару дней посмотреть несколько последних обзоров. Сегодня ряд общих соображений, из того, что помнится навскидку.

1. Сканировать ДНК "умеют" только РНК-полимеразы бактерий. РНК-полимеразы эукариот собираются из протомеров на самом промоторе. Соответственно, белки, связанные с энхансером, повышают вероятность сборки РНК-полимеразного комплекса, возможно, за счет повышения прочности образующегося комплекса ДНК-ТАТА-связывающий белок (TBP).

2. Вряд ли взаимодействие участков ДНК совершенно стохастично. Это бы подразумевало абсолютную равновероятность взаимодействия любых двух участков. Такая равновероятность подразумевает энергетическую неотличимость всех участков ДНК и, соответственно, их идентичность, в т.ч. по последовательности. Понятно, что такое взаимодействие, строго говоря, возможно только для гомополимеров нуклеотидов и только при полностью расплетенной спирали. Наличие же в различных участках хромосома различно расплетенных (от суперспирали до одноцепочечной формы) участков делает гипотезу "случайности" еще более маловероятной
Pecatum
Спасибо большое! Буду ждать с нетерпением совсем конкретного ответа wink.gif
nasima
priviet fsem
ia toje kgda outchila ni kagda ni loubila bioximia otchen slojni i abiomni predmet za to otchen enteresni!! takoi pragram outchit f drougi strani za 1.5 goda !!!!!ichou bioximia eta predmet katori mojna raskazat f vidi sxeme a ni slavami !!! paetamou na zaniati ia mnoga ni smagla baltat mnoga no sxeme ia outchila tak lagitchna mojna zabomnit zaniati !!!!
ounase toje bila prablema s knigami ia litchna brala tolka na 2 semestr patamouchta mala bili !!!!
ia savitouiou fsem kto outchit sitchas bioximia kajdi din pa 15-20 min pratchitat zaniati chtobi f golavo chto ta astalas da zaniati
pa povado itogavi mojna paprasit prepadavatili zdavat pervi tchast a ftaroi tcheres nedelko esli troudna zapomnit wacko.gif
vzaytsev
Pecatum, вот интересный АБСТРАКТ, но полный текст не достать - только за баксы

Цитата
An initially independent assembly of regulatory complexes at the proximal promoter and the upstream enhancer regions was followed by the tracking of the entire DNA-protein complex formed on the enhancer along the intervening DNA until it encountered the proximal promoter. This movement correlated with a unidirectional spreading of histone hyperacetylation. Transcription initiation coincided with the formation of a stable enhancer-promoter complex and remodeling of the nucleosome situated at the transcription start site. The results provide experimental evidence for the involvement of a dynamic process culminating in enhancer-promoter communication during long-distance gene activation.
Pecatum
Ага, т.е. идет трэкинг (сканирование)... А что по поводу рекомбинации? Пока ничего не известно?
vzaytsev
Пока не готов сказать, никак не разгребусь с текучкой. Наверно, уже после выходных...
vzaytsev
Расписание отработок по общей биохимии (2 курс лечбного, педиатрического и стоматологического факультетов, 3 курс медико-биологического и фармацевтического факультетов)
vzaytsev
Интересный исторический экскурс - кто был первым автором термина "стволовая клетка"?
http://www.celltranspl.ru/forum/index.php?topic=129.0
vzaytsev
Dairy Chemistry and Physics
http://www.foodsci.uoguelph.ca/dairyedu/chem.html
vzaytsev
MDL MOL file formatted optimized geometries
http://cccbdb.nist.gov/mdlmol1.asp

Правда, база данных сильно ограничена, около 800 соединений, но первичное представление о предсказательном анализе структуры дает
Маруся95
я немного в шоке
Менестрель
Маруся95,от чего именно?)
просто доктор
Запаздалый вопрос. Она в шоке была зимой, а вы у нее спрашиваете в середине лета.)))))))))))))))))))))))))))))))))) Она уже или оклемалась или в затяжной коме. smile.gif
Менестрель
Цитата(просто доктор @ 5.8.2014, 16:05) *
Запаздалый вопрос. Она в шоке была зимой, а вы у нее спрашиваете в середине лета.)))))))))))))))))))))))))))))))))) Она уже или оклемалась или в затяжной коме. smile.gif

я по чуть-чуть стираю пыль с ее вопроса med22.gif
просто доктор
А, тогда понятно.)))))))))))))))))))))))))))) smile.gif
Русская версия IP.Board © 2001-2019 IPS, Inc.