Версия для печати темы

Нажмите сюда для просмотра этой темы в обычном формате

Официальный форум ВолгГМУ _ Кафедра теоретической и клинической биохимии _ Биохимия: в помощь студенту

Автор: vzaytsev 9.10.2006, 10:25

Регулирование ферментативной активности в клетке

Так, поскольку в Северине раздел по регуляции и ингибированию написан из рук вон плохо, в предверии итоговой привожу список основных способов регуляции ферментативной активности:

1. внешними условиями (физическими и физико-химическими) протекания реакции ( в организме - преимущественно, за счет изменения рН)
2. концентрацией (доступностью_ субстрата
3.концентрацией продукта
4. доступностью кофактора (кофермента)
5. количеством фермента (определяется соотношением скоростей биосинтеза de novo и распада)
6. неаллостерическими ингибиторами
6а. обратимыми ингибиторами
- конкурентыми
- неконкурентными ("чистыми" и смешанными)
- бесконкурентыми
6б. необратимыми ингибиторами
например, реакционноспособными аналогами субстрата или "суицидальными субстратами"
7. аллостерическими регуляторами
7а. снижение активности
7б. повышение активности
7в. изменение субстратной специфичности
8. протеолитическим расщеплением (ограниченным протеолизом, м.б. как активация, так и инактивация)
9. ковалентной модификацией (по крайней мере знать про: фосфорилирование и дефосфорилирование, метилирование, ацилирование /в т.ч. ацетилирование/, нуклеотидилирование /в частности, АДФ-рибозилирование/, убихитинилирование)
10. взаимодействием с регуляторными белками (ассоциацией и диссоциацией ферментного комплекса)
11. взаимодействием с биологическими мембранами

Подробности сами в книжках найдете?

Автор: vzaytsev 11.4.2007, 10:26

Слайды к лекции "Биохимия стероидных гормонов". Немного больше 4 мегабайт

http://www.volgmed.ru/depts/biochem/sources/steroids.pps

Автор: Протей 13.12.2007, 16:21

Цикл Кребса: образование цитрата...
в swf формате, для наглядности.

 CTA1r.swf ( 17.93 килобайт ) : 29
 

Автор: Eraser 13.12.2007, 18:55

Цикл Кребса: механизм образования цитрата...
в чёрно-белом tiff формате, из книжки.
 CSM.rar ( 54.36 килобайт ) : 20


Протей, спасибо, что реанимировали тему.

Автор: insie 16.12.2007, 12:29

Не подскажете, где можно качнуть Д. Мецлер - Биохимия.
Желательно последней редакции (кажется только на английском, но это не страшно) и в формате pdf?

Автор: vzaytsev 17.12.2007, 12:07

Цитата(insie @ 16.12.2007, 12:29) *
Не подскажете, где можно качнуть Д. Мецлер - Биохимия.
Желательно последней редакции (кажется только на английском, но это не страшно) и в формате pdf?

http://ifolder.ru/4592850
http://ifolder.ru/4593083


Автор: vzaytsev 18.7.2009, 11:16

В блоге Юрия Кореновского (из Алтайского госмедуниверситета) есть раздел "Лекции" с конспектами некоторого числа лекций по биохимии
http://korenovsky.blogspot.com/

Автор: vzaytsev 10.9.2009, 13:45

Первый из давно задуманных проектов в помощь при изучении биохимии. Назовем пока его условно - Биохимия день за днем. Посты будут короткими, зато почти каждодневными. Первый пост - о значении современной биохимии для современной медицины.

Цитата
Какие же возможности дает понимание молекулярных причин и механизмов развития заболеваний?

1. Однозначно или с высокой вероятностью подтверждать диагноз заболевания и выявлять патологии еще до появления видимых признаков болезни (в том числе речь идет о пренатальной диагностике - обнаружении заболевания у еще не рожденного плода).

2. Разрабатывать способы лечения и непосредственно лечить пациента, воздействуя на причину его страданий, а не путем только устранения симптомов заболевания.

3. Целенаправленно создавать новые, более эффективные лекарства и нефармакологические методы лечения.

4. Предсказывать вероятность развития той или иной болезни у конкретного человека в будущем.

5. Принципиально изменить принципы профилактической медицины - на основе оценки степени персонального риска развития заболеваний можно будет перейти от "среднестатистических" программ предупреждения ряда заболеваний к профилактике персонифицированной.

6. Оценивать (обобщенно, так сказать вероятностно) наличие каких сочетанных патологий у пациента способно модифицировать эффект лечения основного заболевания и может повлиять.

7. Персонально оценивать вероятную эффективность лечения пациента с использованием лабораторных тестов (в идеале - еще до начала лечения) и осуществлять индивидальный подбор дозы используемых лекарственных препаратов.
(Подробный пост по ссылкам ниже)

Обсудить, дополнить, подискутировать, высказать свое мнение, задать вопрос и т.п. можно на одном из блогов, указанных далее. Поскольку комментарии доступны только для зарегистрированных пользователей соответствующих ресурсов, выбирайте себе сами, какой Вам по душе.
http://inview0.livejournal.com/3773.html
http://rubiomed.blogspot.com/2009/09/blog-post.html
http://elementy.ru/blogs/users/vzaitsev/41538/

В завтрашнем посте поговорим о месте биохимии среди наук о живом.

Автор: vzaytsev 11.9.2009, 8:16

Что изучает биохимия? (фон проблемы)
http://inview0.livejournal.com/3941.html
http://rubiomed.blogspot.com/2009/09/blog-post_11.html
http://elementy.ru/blogs/users/vzaitsev/41546/

Автор: vzaytsev 22.9.2009, 13:22

Цитата
БИОХИМИЯ – наука, которая изучает химический состав биологических объектов и протекающие в живых организмах химические реакции и процессы в их взаимосвязи между собой и с функционированием организма.
Рассуждения - на блогах.

Автор: vzaytsev 30.9.2009, 12:55

Для 5 курса МБФ: Свободнорадикальная медицина (слайды к лекции)
http://edu.volgmed.ru/mod/resource/view.php?id=695

Автор: Протей 1.10.2009, 8:46

Цитата
В этих реакциях образуются радикалы гидроксила HO. или липидов (LO. и другие).
Эти радикалы обладают разрушительным действием по отношению к нуклеиновым кислотам, белкам и мембранам

по слайду эти радикалы образуются из H2O2, HClO и LOOH под действием иона Fe2+.
на следующем слайде показано как гидроксил радикал вызывает разрыв нити ДНК.
учитывая, что время жизни гидроксил радикала по литературным данным 10 в минус 7 степени секунды возникает вопрос:
для того, чтобы HO* вызвал разрушительное действие на нить ДНК необходимо, чтобы H2O2 (или HClO) c Fe2+ должны находиться в непосредственной близости он нуклеиновой кислоты. какова концентрация этих компонентов в норме около ДНК. и как накапливаются они при патологии?
(с H2O2 вроде понятно, она незаряжена и способна диффундировать сквозь мембраны, а ионы железа?)

Автор: Надюша 6.10.2009, 21:39

спасибо вам,что в методичке отметили статьи в Соросовском журнале!!
Читаю его-ну просто прелесть!так интересно написано!и главное,доступно!

Автор: vzaytsev 7.10.2009, 9:46

Цитата(Протей @ 1.10.2009, 9:46) *
Цитата
В этих реакциях образуются радикалы гидроксила HO. или липидов (LO. и другие).
Эти радикалы обладают разрушительным действием по отношению к нуклеиновым кислотам, белкам и мембранам

по слайду эти радикалы образуются из H2O2, HClO и LOOH под действием иона Fe2+.
на следующем слайде показано как гидроксил радикал вызывает разрыв нити ДНК.
учитывая, что время жизни гидроксил радикала по литературным данным 10 в минус 7 степени секунды возникает вопрос:
для того, чтобы HO* вызвал разрушительное действие на нить ДНК необходимо, чтобы H2O2 (или HClO) c Fe2+ должны находиться в непосредственной близости он нуклеиновой кислоты. какова концентрация этих компонентов в норме около ДНК. и как накапливаются они при патологии?
(с H2O2 вроде понятно, она незаряжена и способна диффундировать сквозь мембраны, а ионы железа?)

Вот например:
Цитата
Labile iron pool (LIP) constitutes a crossroad of metabolic pathways of iron-containing compounds and is midway between the cellular need for iron, its uptake and storage. In this study we investigated oxidative DNA damage in relation to the labile iron pool in a pair of mouse lymphoma L5178Y (LY) sublines (LY-R and LY-S) differing in sensitivity to hydrogen peroxide. The LY-R cells, which are hydrogen peroxide-sensitive, contain 3 times more labile iron than the hydrogen peroxide-resistant LY-S cells. Using the comet assay, we compared total DNA breakage in the studied cell lines treated with hydrogen peroxide (25 mM for 30 min at 4°C). More DNA damage was found in LY-R cells than in LY-S cells. We also compared the levels of DNA lesions sensitive to specific DNA repair enzymes in both cell lines treated with H2O2. The levels of endonuclease III-sensitive sites and Fapy-DNA glycosylase-sensitive sites were found to be higher in LY-R cells than in LY-S cells
http://www.actabp.pl/pdf/1_2003/211s.pdf

Одним из обильных источников Fe в ядре может, в частности, являться белок хантингтин, присутствующий в норме в нейронах любого человека, но связанный с развитием известной болезни Хантингтона. Другой хорошо установленный источник: FeS-белки, которые встречаются не только в митохондриях, но также и в ядре и цитозоле. Кроме того, хорошо известно, что транспортеры двухвалентных металлов, вовлеченные в транспорт железа, обнаруживаются не только на цитоплазматической мембране, но и в ядре.

Автор: vzaytsev 24.10.2009, 11:49

Эволюция как сопротивление энтропии
http://elementy.ru/lib/430413

Цитата
Эволюция — это способ живого противостоять энтропии, нарастающему хаосу и беспорядку. Она творит разные новшества, но естественный отбор сохраняет только те из них, что придают организмам устойчивость к дальнейшим изменениям, те, что позволяют им воспроизводить свои копии в длинном ряду поколений, практически не меняясь. Как это ни странно, но получается, что эволюция работает против себя самой.

Автор: vzaytsev 5.12.2009, 10:40

CYBERLIPID CENTER
Весьма полезный ресурс для того, кто пытается разобраться в ида и свойствах липидов, и для, тех, кто с липидами экспериментально работает
http://www.cyberlipid.org/

Автор: vzaytsev 10.12.2009, 13:20

Гельфанд: Что может биоинформатика
http://elementy.ru/lib/430895

Автор: vzaytsev 19.1.2010, 15:22

Интрактивные обучающие видео от Foundation for Genomics and Population Health
http://www.phgfoundation.org/tutorials/home/

Разделы:


* Introduction
* Penetrance
* ACCE
* Patents
* Moral Theories
* Pharmacogenomics
* DNA Test Methods
* Disease Susceptibility
* Twin Adoption Studies
* Informed Consent
* Clinical Utility

Автор: vzaytsev 15.3.2010, 19:47

Про белки
http://www.friedli.com/herbs/phytochem/proteins.html
http://www.tulane.edu/~biochem/med/second.htm

Автор: vzaytsev 16.4.2010, 21:28

А это просто интересно почитать
http://sandwalk.blogspot.com/

Автор: vzaytsev 20.5.2010, 6:54

Cell Biology Laboratory Manual
http://homepages.gac.edu/~cellab/index-1.html

Автор: vzaytsev 20.5.2010, 8:31

Campbell Interactive Biochemistry Web-site
http://www.1cro.com/campbell/campbell.html

Автор: vzaytsev 29.5.2010, 9:30

Современные прикладные проблемы - в синтетической биологии

Цитата
Nucleic Acids Research (NAR) invites you to read our newest special issue, Synthetic Biology. Edited by James J. Collins, Drew Endy, Clyde A. Hutchison III, and Richard J. Roberts, it is published fully open access.

Цитата
The field of synthetic biology builds upon over 35 years of genetic engineering. Starting in the 1970s with the engineering of bacteria to produce growth hormones and insulin, the field has now moved on to the seamless assembly of synthetic viral and bacterial genomes. By determining genetic sequences and identifying the molecules they encode, biologists are now able to investigate what is needed for life to work, and to explore what might evolve next or be made anew. New discoveries are pouring in and the next steps are being taken to engineer organisms that improve human life. Always at the forefront of innovative publishing, NAR was quick to recognize the potential of synthetic nucleic acid sequences. This special issue details the many advances made in this dynamic area – including those at the intersections of chemistry, physics, biology and engineering.


http://nar.oxfordjournals.org/content/vol38/issue8/

Очень советую почитать - самые обычные научные инновации, совершающиеся без заклинаний про модернизацию науки и экономики

P.S. Очень интересна статья, посвященная клонированию в дрожжах цельных бактериальных геномов

Автор: vzaytsev 29.6.2010, 8:10

Динамические схемы сигнальных биохимических путей (гормональная регуляция, цитокины, иммунный ответ, апоптоз, адгезия и т.д.)
На английском языке
http://www.biocarta.com/genes/index.asp

Еще один сходный ресурс:
Signaling Pathways and Tables
http://www.cellsignal.com/reference/pathway/index.html

Автор: vzaytsev 6.10.2011, 9:54

Ссылки на ресурсы, которые могут оказаться полезными, теперь можно см. на http://twitter.com/#!/valeryzaitsev

Автор: vzaytsev 10.12.2011, 12:05

Biochemistry Online by Jakubowski
http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/bcintro/default.html

Biochemistry by Garrett & Grisham
http://www.web.virginia.edu/Heidi/home.htm

Автор: Immunology 29.12.2011, 14:26

Пропротеин конвертазы в норме и при болезни:
Proprotein Convertases in Health and Disease
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra1106700?query=TOC
http://s007.radikal.ru/i302/1112/97/d34db9b77d52.jpg

Автор: Immunology 1.2.2012, 14:49

Болезни накопления железа:
Iron Overload in Human Disease
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra1004967?query=TOC
http://radikal.ru/F/s40.radikal.ru/i090/1202/b8/2eef556db4e9.jpg

Русская версия Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)